Subscribe RSS
Mostrando entradas con la etiqueta genoma humano. Mostrar todas las entradas
Mostrando entradas con la etiqueta genoma humano. Mostrar todas las entradas

Medicina personalizada: 
¿Una medicina para cada “enfermedad-persona”?

Por Lorena López-Galvis


El inicio del milenio trajo consigo un evento de grandes proporciones, la secuenciación del genoma humano, la cual abrió la puerta para la generación de numerosas herramientas que cumplirían con el sueño dorado de la ciencia de descifrar el complejo genético que forma un ser humano. Luego de casi 12 años son más los interrogantes que las respuestas que se han generado luego de descifrar dicho código de ADN (revisado en [1]). La secuenciación del genoma humano dio inicio a algo concebido como la era de la medicina molecular (revisado en [2]), bajo la cual el diagnóstico y el tratamiento de una condición médica depende de un estudio específico del individuo, desde sus genes hasta su reacción particular a cierto tipo de medicinas, disciplina que se conoce como farmacogenómica. En este escrito se tratarán los pasos que se han dado para que la farmacogenómica ofrezca el desarrollo de una medicina personalizada basada en el estudio del genoma de cada individuo.


¿Qué es la medicina personalizada?
 
 Figura 1. Tomado y modificado de Personalized Medicine Coalition. 2011. What is Personalized Medicine? [3]

La medicina personalizada es un campo joven y creciente de las ciencias médicas que se basa en la información genética, clínica, genómica y ambiental de un individuo. Como todos estos factores son diferentes para cada persona, la naturaleza de las enfermedades, incluyendo su inicio, curso y la respuesta a ciertos medicamentos y tratamientos clínicos, es tan individual como la gente que padece la enfermedad [4]. En un sentido amplio, la medicina personalizada busca tratar las enfermedades de una manera tan única como el paciente que las padece (Figura 1). Inicialmente este proceso de diagnosis y terapia se desarrolla a partir del entendimiento de las causas moleculares de una enfermedad, del descubrimiento y validación de marcadores moleculares e identificación de blancos para fármacos particulares. Dentro de estos procesos se involucra la farmacogenómica que se encarga de estudiar las variaciones de los genes heredados y su efecto en la reacción bien sea positiva, negativa o neutra a determinado medicamento y dosis para tratar una enfermedad [5]. (Un video ilustrativo se encuentra aquí). La importancia de esta nueva ciencia radica en que el paciente puede ser formulado con mayor precisión tratando de maximizar la efectividad que tendrá la medicina en el tratamiento de su enfermedad (Figura 2), suprimiendo así el viejo método de “prueba y error” en las formulaciones, bajo el cual se estima que formulaciones poco aptas (tóxicas) que generan reacciones adversas a drogas (ADR, del inglés Adverse Drug Reactions) han llegado a afectar a más de 2 millones de pacientes americanos cada año, de los cuales 100 mil pueden haber muerto [6]



Figura 2. Porcentaje de la población a la que una medicina para tratar una enfermedad particular resulta inefectiva. Modificado de Personalized Medicine Coalition, The Case of Personalized Medicine 2009 [9].  


¿Cómo la farmogenómica es la base para una medicina personalizada? 

El estudio de distintos pacientes por medio del análisis genético de las variantes o cambios en los nucleótidos de la cadena de ADN de genes (SNPs, del inglés Single Nucleotide Polymorphisms) que están asociados con el desarrollo de una enfermedad, o la ruta del metabolismo de una droga, ha logrado evaluar el efecto de dosis de ciertos medicamentos en la progresión de una enfermedad. Estos SNPs pueden tener efectos directos en la proteína a nivel funcional (cambio en la secuencia de aminoácidos de la proteína), a nivel cuantitativo (cambio de nucleótidos en secuencias reguladoras del gen) o simplemente ser un SNP que no está afectando directamente a un gen, pero que está asociado a una respuesta en particular a un medicamento o a la afección de una enfermedad. La posibilidad de asociar cierto SNP con la eficiencia del tratamiento reduciendo los efectos adversos del uso de un medicamento puede ser de gran valor tanto para el paciente, como para la práctica médica y para el aspecto económico de esta. Actualmente, muchos recursos en investigación médica se han enfocado en encontrar estos marcadores moleculares, pequeñas variaciones genéticas o SNPs que son la base molecular de muchas enfermedades y que permitirán la generación de terapias para su posible control. Para esto se usan enfoques funcionales basados en el conocimiento del proceso biológico de la enfermedad y en la respuesta a la medicación, los cuales están controlados por la actividad de diversos genes. El interés en un proceso en particular permite seleccionar algunos genes que son estudiados en muestras de ADN de personas enfermas que responden o no al tratamiento, comparado con personas sanas. De esta manera se pueden encontrar SNPs que corresponden a una función o respuesta particular bien sea del gen o del tratamiento (más información en [7]). Ahora bien el siguiente paso corresponde a que el paciente sea evaluado genéticamente y con esta información el paciente pueda recibir una terapia particular de acuerdo a su perfil genético. 

Un ejemplo del avance de la farmacogenómica está en enfermedades como el cáncer de seno. Se conoce que el 20% de los pacientes con este tipo de cáncer poseen una forma de la proteína HER2 (del inglés, Human Epidermal growth factor Receptor 2) que causa sobreexpresión de la misma. Se encontró que la medicina Herceptin (nombre genérico trastuzumab [8]) se une al receptor HER2 bloqueando el desarrollo de nuevas células cancerígenas lo cual reduce la recurrencia del cáncer de seno en el 52% de los pacientes que la han combinado con quimioterapia [3]. Esto significa que un doctor puede evaluar si el paciente posee dicha forma de la proteína HER2 y con base a ello usar Herceptin para controlar la enfermedad. Otras enfermedades que han sido evaluadas con medicinas obtenidas a partir de farmacogenómica para un público objetivo son: enfermedades cardiovasculares, cáncer de colon, cáncer de pulmón, leucemia, enfermedades neurodegenerativas, SIDA, entre otras. Para más información se puede consultar la que es considerada la publicación de oro de la Unión de Medicina Personalizada (PMC, del inglés Personalized Medical Coalition) [9]

Sin embargo la medicina personalizada no solo se basa en el tratamiento de enfermedades, también trata de prevenir el desarrollo de ciertas condiciones de salud por medio de una valoración de riesgos, que se ponderan al realizar una prueba genética en la persona con el fin de revelar la predisposición a enfermedades. Estas pruebas se utilizan para identificar las asociaciones gen-enfermedad y actualmente se cuenta con pruebas para más de 1000 enfermedades [10]. El uso de estas pruebas genéticas requiere consejo médico, ya que los resultados deben ser tratados con el mejor profesionalismo y ética para evitar malas interpretaciones de los resultados. Las pruebas genéticas son importantes de manera preventiva para detectar tempranamente a nivel molecular las posibilidades de padecer una enfermedad y poder tratarlas a tiempo. También son importantes en casos de desarrollo de la enfermedad facilitando el diagnóstico de un tratamiento preciso y ajustado al individuo reduciendo efectos adversos de medicaciones y permitiendo un monitoreo en tiempo, lo cual es importante para seguir en el proceso de desarrollo terapéutico. 

La farmacogenómica guarda un gran potencial para impactar la salud humana, sin embargo aún existen muchos aspectos complejos en su desarrollo y su uso de la medicina personalizada. Primero, cabe anotar que es una rama de la ciencia médica que está aún en su fase inicial y requiere de más tiempo para demostrar resultados positivos, así que depende de una buena articulación entre el sector investigativo, la legislación, las farmacéuticas y las instituciones de salud para que en un futuro las medicinas se desarrollen en beneficio de mejorar las condiciones de salud y costos de tratamientos en pequeños grupos objetivo. Segundo, no se debe dejar de lado el valor de las variables no-genéticas en el progreso de una enfermedad y como las condiciones del paciente como edad, género, dieta y estilo de vida también son claves en la respuesta a una terapia, en este caso médicos y farmacéuticos deben usar sus mejores herramientas para lograr un apropiado manejo de las patologías clínicas. Para suerte de todos, la tecnología es cada vez más accesible a cualquier persona, así que es probable que en cierto momento le escuche decir a alguien cercano que un problema médico de hoy ya estaba escrito hace tiempo en su ADN y que afortunadamente la solución ya venía siendo gestada en algún lugar del mundo, ¿será que el futuro de nuestra salud es tan positivo como la tecnología promete? 


Referencias  

[1] Galindo, L. 2012. Las promesas del Genoma Humano. En Blog BIOGENIC publicado el 22 de febrero de 2012. http://biogenic-colombia.blogspot.com/2012/02/las-promesas-del-genoma-humano.html  
[2] López, L. 2010 ¿Es mi genoma responsable de mis enfermedades? En Blog BIOGENIC publicado el 17 de noviembre de 2010. http://biogenic-colombia.blogspot.com/2010_11_01_archive.html 
[3] Personalized Medicine Coalition. 2011. What is Personalized Medicine? En The Age of Personalized Medicine publicado el 12 de Mayo de 2011. http://www.ageofpersonalizedmedicine.org/what_is_personalized_medicine/  
[4] Duke Medicine. 2011. Personalized medicine. En USA News publicado el 20 de Enero de 2011. http://health.usnews.com/health-conditions/cancer/personalized-medicine  
[5] NCBI, 2004. One Size Does Not Fit All: The Promise of Pharmacogenomics. En NCBI: A Science Primer publicado el 31 de Marzo de 2004. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html
[6] Isaacsson, C. 2001. Ethical Issues in Pharmacogenomics. En ActionBioscience.org publicado en Febrero de 2001. http://www.actionbioscience.org/genomic/barash.html  
[7] Genetic Science Learning Center - University of Utah. 2012. Making SNPs Make Sense. En Learn Genetics – The University of Utah publicado en 2012. http://learn.genetics.utah.edu/content/health/pharma/snips/ 
[8] Foundation for Genomics and Population Health. 2011. Pharmacogenetic in Testing Cancer. En phg foundation interactive tutorials publicado en 2011. http://www.phgfoundation.org/tutorials/pharmacogenomics/5.html 
[9] Personalized Medicine Coalition. 2009. The Case of Personalized Medicine. En The Age of Personalized Medicine publicado en 2011. http://www.ageofpersonalizedmedicine.org/objects/pdfs/TheCaseforPersonalizedMedicine.pdf 
[10] U.S. Department of Energy Genome Program's Biological and Environmental Research Information System (BERIS). 2010. Gene Testing. Publicado en US Department of Energy’s genomic websites - Human Genome Project Information el 17 de Septiembre de 2010. http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/medicine/genetest.shtml




Por: Leonardo Galindo

La gran noticia

Muchas veces las personas solo preguntan acerca de la importancia de los grandes avances científicos cuando una noticia aparece en la primera plana de un diario o en los noticieros. Aunque en ocasiones algunas de estas fuentes pueden dar información acertada, no siempre es así, y los medios de comunicación masiva pueden fácilmente guiar a la gente a creer en verdades parciales, verdades agrandadas o en ocasiones hechos que están lejos de la realidad. Lo cierto es que si lo que dicen los científicos o académicos no es siempre totalmente verídico, imaginen lo que puede pasar cuando los medios transmiten o retransmiten la información sin hacer una investigación profunda. Es por eso que no hay nada de malo en ser un poco más inquisitivos, así la ciencia no sea nuestro campo de trabajo… la ciencia finalmente es parte de nuestro día a día. O acaso no quisiéramos entender un poco más de que nos habla nuestro médico cuando comenta de la predisposición genética a una enfermedad, o de por qué se produce el cáncer, o si vacunarnos o no porque al parecer hay una pandemia…una pan que????

El genoma humano fue una de esas grandes noticias que llegó con el cambio de milenio…que oportuno! En la última semana de junio del año 2000 CNN, uno de los medios noticiosos más populares en Estados Unidos, publicó lo que se clasificó como un logro equiparable a poner al hombre en la luna [1]. CNN resaltó frases del entonces presidente de Estados Unidos acerca de cómo sería posible curar la mayoría, si no todas las enfermedades humanas; mientras Francis Collins (líder de uno de los dos proyectos de secuenciación del genoma) más conservador, pero aún con la emoción del momento, hablaba de rápidos avances en entender enfermedades como la diabetes y la esquizofrenia. Aunque hay que decir que la noticia publicada también mostró información sobre las posibles implicaciones éticas de la secuenciación del genoma humano, es interesante como las grandes frases como…curaremos todas las enfermedades, o esto es más importante que poner al hombre en la luna, tomaron prioridad en los primero párrafos. Curiosamente esta última analogía se aplica bastante bien para lo que finalmente ocurrió para obtener el primer borrador del genoma humano. Mientras la llegada de Amstrong y Aldrin a la superficie lunar fue una consecuencia de una carrera contra los cosmonautas rusos, la presentación del primer borrador del genoma humano cinco años antes de lo programado, fue consecuencia de una carrera entre el consorcio de secuenciación público (liderado por Francis Collins), y la compañía privada Celera Genomics (comandada por Craig Venter). Aunque en ciencia las carreras generalmente se dan por la publicación de artículos cuando dos grupos estudian el mismo tema, la aceleración en la investigación en este caso también se vio incrementada por el deseo de Craig Venter y su grupo de patentar las secuencias encontradas, y del consorcio público por hacer posible que dicha información fuera totalmente pública [2].

Sea como fuere, los primeros borradores de la secuenciación del genoma humano realizados por el consorcio público y Celera, fueron finalmente publicados en las dos revistas científicas más relevantes a nivel mundial (Nature y Science) en Febrero de 2001 [3]-[4], y fueron acompañadas de grandes promesas para el futuro.

10 años después

Pero 10 años después de las publicaciones iniciales, de acuerdo a encuestas realizadas a 1000 científicos por parte de Nature, aquella promesa de curar casi todas o todas las enfermedades todavía no se ha cumplido y posiblemente tardará décadas en cumplirse [5]. Es normal que algo así haya ocurrido, lo extraño hubiera sido realmente que hubiéramos curado todas las enfermedades en 10 años; pero por supuesto hablar de un gran evento como la secuenciación del genoma humano sin hablar de una transformación de la humanidad no tendría tanto impacto… verdad? En principio, posiblemente por una visión reduccionista, se creía que encontrar cada uno de los genes del genoma sería suficiente para descifrar su función específica y entonces hacer una relación directa con las enfermedades. Sin embargo como suele ocurrir en toda la naturaleza, las relaciones simplistas uno a uno son poco comunes, y son las interacciones entre las partes las que cuentan. Para los genes, la teoría no es distinta, y generalmente una característica específica (como en el caso de ciertas enfermedades), no depende de un gen, sino de varios interactuando a veces linealmente, a veces circularmente y a veces en redes. Incluso la información de regiones que no codifican para genes, la estructura del ADN y la interacción entre distintos tipos de moléculas en la célula hacen que la decodificación del genoma y su función, sea algo mucho más complicado de lo que se pensaba [6]. De hecho aquellos con una visión más holística, los biólogos de sistemas, que tratan de encontrar todas las partes interactuantes, se han encontrado con que es casi imposible encontrar todas las piezas del rompecabezas para hacer predicciones útiles. Por esta razón, descifrar la secuencia de un genoma es como haber determinado los caracteres de un libro lleno de jeroglíficos y acertijos donde las palabras (genes), solo tienen sentido al hacer frases con otras palabras que pueden o no encontrarse en la misma página. El entendimiento básico de dichas partes del genoma y su funcionamiento ha variado completamente en esta última década, debido en parte a los grandes esfuerzos de secuenciación. Aunque el estimativo actual del número de genes en el genoma humano es de 21.000 (que cubren probablemente solo el 1.5% de la secuencia total), se sabe ahora que muchos de estos genes codifican para más de una proteína. Las grandes regiones que no codifican para genes hacen parte de una red de regulación previamente desconocida e inexplorada [7], y finalmente no solo el código de los genes es relevante, sino su posición y estructura en el núcleo celular. Solo al entender la función de los genes y sus interacciones es posible vincular más directamente su relación con las enfermedades.

Lo cierto es que a pesar de esta complejidad, haber secuenciado el genoma humano casi es su totalidad si ha traído beneficios, mayormente en la forma de conocimiento biológico y médico básico [5], y eventualmente este conocimiento ayudará al diagnóstico y el tratamiento de numerosas enfermedades. Adicionalmente, la carrera por secuenciar el genoma y el continuo análisis de este y otros genomas durante la última década han impulsado la tecnología de secuenciación y el desarrollo de herramientas de bioinformática (herramientas computacionales para el análisis de moléculas biológicas), tanto así que actualmente podemos secuenciar en una semana 10 millones de veces más secuencia de lo que podíamos en 1990 [7], y de hecho es posible secuenciar un genoma humano completo en un día por un par de miles de dólares [8]. Esto abre infinitas posibilidades para comparar múltiples regiones del genoma en numerosos individuos…y posiblemente en el futuro genomas completos en poblaciones enteras. Actualmente ya tenemos gran cantidad de información acerca de pequeñas variantes en el genoma (SNPs – sigla en inglés para polimorfismos de un nucleótido), además de otros cambios como las deleciones e inserciones, que pueden ser relacionadas directamente con condiciones específicas. La información de las variantes y las mutaciones esparcidas por todo el genoma nos ha permitido sin duda hacer relaciones mucho más directas y en proporciones mayores entre el componente genético (genotipo) y las enfermedades (fenotipo) [7]. Por ejemplo, mientras hace una década los genes conocidos relacionados con enfermedades (hereditarias y no hereditarias) estaban en el rango de los cientos, ahora el número de genes que se pueden relacionar esta en el rango de miles, y se sabe que muchas enfermedades dependen de numerosos genes y de sus interacciones con otros componentes celulares. Enfermedades como la diabetes tipo 2, que afecta a más de 300 millones de personas en el mundo, dependen de secciones del genoma ubicadas en 39 lugares distintos. Para desordenes mentales como la esquizofrenia solo unas pocas regiones genómicas han sido identificadas pero se cree que este tipo de enfermedades tienen un componente polígenico (de varios genes) amplio. Incluso características tan comunes como la altura de una persona parecen depender de más de 180 regiones distintas en el genoma. Adicionalmente la posibilidad de estudiar individuos de poblaciones distintas también ha permitido encontrar otro tipo de relaciones genéticas. Ciertas enfermedades renales están ligadas a variantes presentes en el gen (APOL1) de personas de ascendencia africana, las cuales no se encuentran en poblaciones europeas.

Aunque todo este conocimiento es de suma importancia y constituye un gran avance desde el año 2000, es importante saber que encontrar la relación genética de una enfermedad no significa haberla curado. Por ejemplo para el caso del cáncer, aunque el número de genes descubiertos relacionados con los cánceres más comunes se ha triplicado desde los 90’s [7], aún es necesario conocer las interacciones de estos genes y evaluar grandes poblaciones para poder diseñar medicinas a la medida que disminuyan significativamente las tasas de mortalidad. Si bien es posible reconocer un factor de riesgo mediante el análisis genético, el camino para el diagnóstico masivo y un tratamiento adecuado es aún largo para muchas de estas enfermedades.

Hace más de una década, se hicieron grandes promesas que no se pudieron cumplir del todo, sin embargo, el espíritu y la voluntad de hacer grandes cosas nos llevaron a una revolución en el conocimiento biológico y tecnológico más grande de lo que pudimos imaginar. Estamos de nuevo en las puertas de una nueva década con nuevos retos, esperemos que los nuevos objetivos trazados se puedan cumplir uno a uno para beneficio de la humanidad.

Cada una de nuestras células es un pequeño ecosistema cambiante de un momento al siguiente, y cada célula hace parte de sistemas aún más grandes con las mismas complejas propiedades, que a su vez, hacen parte de sistemas de mayor orden. Somos a lo menos una infinidad de interacciones, y al siguiente instante somos de nuevo otra infinidad pero diferente….


Referencias

[1]http://archives.cnn.com/2000/HEALTH/06/26/human.genome.05/index.html

[2]Abbott A: The Human Race. Nature 2010, 464(7289):668-669.

[3]Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W et al: Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001, 409(6822):860-921.

[4]Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, Smith HO, Yandell M, Evans CA, Holt RA et al: The sequence of the human genome. Science 2001, 291(5507):1304-+.

[5]Butler D: Science after the Sequence. Nature 2010, 465(7301):1000-1001.

[6]Hayden EC: Life Is Complicated. Nature 2010, 464(7289):664-667.

[7]Lander ES: Initial impact of the sequencing of the human genome. Nature 2011, 470(7333):187-197.

[8]Venter JC: Multiple personal genomes await. Nature 2010, 464(7289):676-677.

Por Mauricio Quimbaya

Introducción

Sin lugar a dudas estamos entrando al siglo de oro de la biología; si los grandes físicos del siglo pasado como Einstein o Hawking revolucionaron la ciencia con su teoría de la relatividad y con sus historias de hoyos negros y Big Bangs, éste es el siglo de los biólogos como Watson, Crick y Venter. El momento que estamos viviendo actualmente, está destinado a modificar la visión acerca de la biología de los seres vivos de una manera radical. Las últimas tecnologías de secuenciación, las técnicas más recientes para analizar la expresión de todos los genes de un determinado organismo, y el auge de nuevas tecnologías basadas en el análisis masivo de proteínas han creado una nueva dimensión para explicar fenómenos biológicos: una visión sistémica de la biología.

Con el advenimiento de las nuevas tecnologías ómicas (genómica, proteómica, metabolómica, transcriptómica, etc), actualmente los científicos estamos en la capacidad de evidenciar no solo lo que pasa con un gen específico que se encuentra sospechosamente asociado con un fenotipo particular como por ejemplo, una enfermedad, sino que al mismo tiempo podemos ver de que manera fluctúan, se alteran, modifican su expresión o se reprograman el resto de veinte mil genes que constituyen el genoma de un persona o un grupo de personas. De esta manera, es posible identificar grupos de genes que se alteran de una misma manera, o encontrar subgrupos claves de genes que influencian directamente la expresión de otros, trayendo como consecuencia el origen de dicha enfermedad. En las últimas décadas, hemos pasado de una visión mecanicista de la biología (un gen, una enzima un fenotipo), a una visión sistémica del problema, es decir, queremos averiguar, cómo se alteran las redes génicas, enzimáticas o proteicas y así tratar de entender a los sistemas biológicos como un todo en el cual hay una interconexión dinámica entre cada una de sus partes.

Distintas ventanas, que dan una nueva dimensionalidad a la forma como entendemos la biología, se han abierto gracias a los recientes avances tecnológicos en materia de investigación celular y molecular. Una de dichas ventanas, es la que denominamos los científicos como genómica comparativa, una rama de la biología emergente, que surge como consecuencia directa, de la divulgación de distintos proyectos de secuenciación de genomas completos. Aunque suene un poco a ciencia ficción, los científicos estamos ahora en la capacidad de aprender nuevas cosas, basándonos no solo en cada una de las piezas que forman el rompecabezas de la vida (los genes), sino, que ahora podemos generar un nuevo conocimiento, tomando una perspectiva más completa, analizando como una unidad informativa a todo el rompecabezas ya ensamblado, la sumatoria de cada una de las piezas (el genoma) y por comparación con otras unidades distintas (genomas diferentes) tratar de sustraer información que solo puede ser adquirida haciendo este tipo particular de comparaciones. Crees que podemos aprender algo nuevo si comparamos nuestro genoma con el genoma de una mosca, o con el de una planta?. Tal vez, pensándolo un poco a la ligera, tu primera respuesta podría ser no, pues en realidad no nos parecemos mucho a una mosca o a una planta, pero las células de nuestro cuerpo, nuestras unidades básicas como organismos, no son muy diferentes a las células de una mosca o una planta; es más, aunque suene un poco raro, biológicamente somos parientes lejanos de las moscas, y de las plantas y en la memoria genética de nuestras células persisten características básicas del ancestro común que alguna vez compartimos miles de millones de años atrás.

En el presente escrito, hablaré un poco acerca de la genómica comparativa y trataré de ilustrar con algunos ejemplos, lo que hemos podido aprender comparando genomas de distintas especies, información que ha sido invaluable para entender procesos tan básicos como la percepción sensorial, o el origen de enfermedades como el cáncer.


Comparamos para encontrar diferencias y así, entender procesos

Una de las herramientas más útiles y de mayor uso dentro del método científico es la comparación. Los científicos comparamos todo el tiempo, por ejemplo comparamos un grupo de plantas que no toleran condiciones de sequía, con plantas típicas de desierto como los cactus para saber que mecanismos y que estrategias particulares usan las plantas de desierto en condiciones tan drásticas. Comparamos grupos de pacientes que sufren una misma enfermedad con personas sanas para tratar de entender como surge dicha dolencia, o comparamos una célula normal con una célula cancerígena para tratar de entender de qué manera dicha célula, pudo dejar de cumplir su tarea específica para transformarse en una célula sin control. Pero las tecnologías modernas como las técnicas de secuenciación de última generación, han revolucionado nuestra manera de hacer comparaciones. Anteriormente cuando encontrábamos un gen, el cual creíamos que era responsable de una enfermedad, comparábamos su secuencia de nucleótidos entre pacientes sanos y pacientes portadores de la enfermedad para encontrar diferencias entre dichas secuencias y si las existían, tratar de asociarlas con la enfermedad. Ahora las nuevas técnicas de secuenciación de segunda generación y las que se aproximan de tercera y cuarta generación permiten la secuenciación de un genoma tan extenso como el genoma humano tan solo en un par de días. Para finales del presente año, el proyecto 1000 genomas espera tener la secuencia del genoma completo de 1000 personas, pero dicho proyecto no espera detenerse allí, para el 2011, espera aumentar esta cifra a 50000 personas y a medida que la tecnología continua avanzando, y los costos se reducen, se espera que para el 2020 un total de 25 millones de genomas personales se hallan secuenciado! [1]. Esto significa que ya no tendremos que limitarnos a comparar un gen o un par de genes que creemos están asociados con una determinada enfermedad entre un grupo reducido de pacientes, ahora podremos comparar el genoma entero de poblaciones completas de individuos y podremos saber si verdaderamente son solo las modificaciones en estos genes particulares las causantes directas de la enfermedad, o por el contrario, si existen a lo largo del genoma cientos o miles de genes que también son importantes para el desarrollo de la dolencia y que antes habíamos pasado por alto.


Pero también podemos comparar nuestro genoma con los genomas de otras especies

Los científicos que nos dedicamos a las ciencias naturales, entre otras cosas, tratamos de comprender los distintos fenómenos, mecanismos y estrategias que han originado la vida en nuestro planeta; también tratamos de entender como las distintas formas de vida que existen a nuestro alrededor se sostienen, se establecen y se perpetúan como formas de vida en si, y también nos esforzamos por averiguar los procesos que a pequeña y gran escala, han permitido que nuestro planeta sea una red dinámica de interacciones entre factores bióticos y abióticos. Sin embargo como podrán imaginar, entender la vida es algo muy complejo, por esto, para tratar de reducir todas las variables que podrían existir, a sistemas más manejables y de cierto modo, más fáciles de entender, usamos algo que llamamos organismos modelo. Es como si para entender como funciona nuestro reproductor de mp3, empezáramos por entender, cómo está constituido el radio de la abuela. Sin duda, es un aparato más sencillo, pero el entramado básico a base de circuitos, cables, tubos y baterías es común para ambos instrumentos. Trayendo este ejemplo a un nivel biológico, podríamos mencionar, que los científicos que tratan de entender como funciona el cerebro humano con sus miles de millones de sinapsis y con sus complicadas redes de neurotrasmisores, tratan de entender primero de qué manera funciona el cerebro de una mosquita, la mosca de la fruta Drosophila melanogaster, cuyo cerebro es miles de veces más sencillo y menos intrincado que nuestro cerebro, pero que está constituido con los mismos ladrillos biológicos, las neuronas, que constituyen el cerebro de ambos organismos.

De igual manera, los científicos que estudian las plantas, usan una hierba casi sin importancia que crece en cualquier jardín y que se corta como maleza, tal vez la hayas oído mencionar, Arabidopsis thaliana. Por la facilidad para trabajar con ella, los científicos la usan para tratar de explicar cuáles son los procesos característicos de las plantas que hacen posible que existan árboles tan grandes como las secuoyas o para tratar de entender de que manera podemos modificar genéticamente otras plantas para que podamos sembrar una mayor variedad de cultivos agronómicamente importantes y de una manera más eficiente en las condiciones actualmente cambiantes de nuestro planeta.

Actualmente y desde hace ya algunos años, el mundo ha vivido gracias al gran despliegue que se le ha dado en diversos medios de comunicación, el boom del genoma humano, pero es interesante saber que la secuencia del genoma de muchos de estos organismos modelo se conocía con anterioridad, en algunos casos hasta con décadas de antelación. Por ejemplo, el genoma del virus que causa el SIDA ya se conocía desde 1985, 16 años antes de que se publicara por primera vez el genoma humano (2). Esto se debe particularmente, a que en la mayoría de los casos, el genoma de los organismos modelo es mucho más sencillo y más pequeño que nuestro genoma lo que hace más fácil su secuenciación. Es así como un año antes de la publicación del genoma humano, en el año 2000, ya se conocía la secuencia del genoma de la mosca Drosophila (3) y de la planta modelo Arabidopsis (4); de la misma manera el genoma de la levadura necesaria para la fabricación de la cerveza Sacharomices cerevisiae ya se conocía desde 1999 (5). Otros genomas completos de organismos modelo han empezado ha aparecer con el tiempo, tal es el caso del genoma del ratón de laboratorio Mus musculus, el cual se publicaría un año después de la divulgación del genoma humano, en el 2002 (6) y el genoma del Chimpancé Pan troglodytes que aparecería en el 2005 (7). Este año salió publicado el genoma de la manzana Malus domestica (8) y para el año 2015, se espera tener la secuencia de otros mil genomas distintos [9]. Pero, ¿te has preguntado que podemos hacer con todas estas secuencias?


Genómica comparativa, comparando moscas con macacos, y plantas con seres humanos

Recuerdo que alguna vez cuando estaba aprendiendo a hacer alguna operación algebraica, mi profesor me dijo: “no señor, esos dos factores no se pueden agregar, es como si a las manzanas, les estuviera sumando papayas, recuerde, manzanas con manzanas y papayas con papayas” y aunque matemáticamente eso era, y aún es totalmente cierto, biológicamente de vez en cuando es ventajoso, tratar de comparar lo que en un principio no parece comparable. El uso de la información genética contenida en el genoma de cualquier organismo, sea éste modelo o no, tiene una importancia intrínseca de por sí. El conocer el genoma de la mosca de la fruta le es útil a todos aquellos científicos que trabajan con ella porque es su herramienta de trabajo y entre mejor se conozca, más eficiente es su estudio; pero hay cosas que solamente se logran saber cuando combinamos dos o varios sistemas, surgiendo éstas como propiedades emergentes. La comparación de genomas enteros de distintas especies, nos permite saber que regiones se han conservado casi invariables durante el transcurso de millones de años y de la misma manera, saber cuales han cambiado. Respectivamente, las regiones conservadas, contienen genes que son comunes a una o varias especies y que por lo tanto deben ser fundamentales para la sobrevivencia de los organismos que los contengan. Entender dichos genes nos acerca a los procesos fundamentales que sostienen la variedad de vida sobre la tierra. Las regiones distintas, representan genes característicos de una determinada especie y el estudiarlos a profundidad, puede darnos luces acerca de los elementos genéticos claves que le permiten a una determinada especie, adaptarse a su forma de vida particular. En últimas, la genómica comparativa trae a colación una nueva perspectiva evolutiva y molecular que nos ayuda a entender como el proceso evolutivo, es un proceso en el cual los genes y los genomas cumplen un papel dinámico.

Trataré de darte algunos ejemplos concisos, que sirvan para ilustrar de una mejor manera como la genómica comparativa, puede ayudarnos a entender de una mejor manera, la biología de los organismos.


Una maleza para explicar nuestro ciclo día-noche

Aunque la planta A. thaliana no es una planta agronómicamente importante, si constituye un sistema sencillo de trabajo para los científicos. Esta planta, es utilizada para entender los principales procesos que se suceden en el reino vegetal, esto de debe a que Arabidopsis, tiene un ciclo de vida corto, y se adapta fácilmente a las condiciones de laboratorio, lo que facilita hacer experimentos, entendiendo que sucede generación tras generación; además su genoma como el de nosotros los humanos, está totalmente secuenciado.

En 1993, un grupo de científicos, estudiando la respuesta a la luz de esta planta, encontraron cuatro genes fundamentales CRY1, CRY2, PER1 y PER2, los cuales posteriormente se popularizarían bajo el nombre de criptocromos (10). Estos genes son importantes reguladores de distintas respuestas fisiológicas de las plantas como la floración o el proceso de degradación del almidón durante las noches, y conectan éstas y otras respuestas con el fotoperiodo, es decir con las horas de luz y las horas de oscuridad que vive la planta. De esta manera por ejemplo, se ha visto como distintos criptocromos, son los que disparan las vías de señalización que le dicen a la planta: hay luz, es hora de fotosintetizar, o por el contrario, está oscuro, degrada el almidón almacenado para que puedas sobrevivir durante la noche (11). En 1998, otros científicos, aislaron éstos mismos genes pero en humanos y sorprendentemente, investigaciones posteriores demostrarían, que son los encargados de regular respuestas tales como la producción de ciertas hormonas, la regulación de la temperatura corporal, la síntesis de enzimas específicas y de neurotrasmisores cerebrales, que nos dicen: salió el sol, es hora de despertar, de comer y de trabajar, o por el contrario, está oscuro, es hora de dormir (12). Aunque parezca sorprendente, este grupo de moléculas homólogas se han mantenido constantes a través de la evolución, siendo claves para procesos similares, la regulación de las funciones vitales asociadas con la percepción de la luz. El principal mensaje, es que solo la comparación de ambos genomas, permitió la caracterización de este proceso particular, que resulta fundamental para la supervivencia de ambas especies.


Los organismos modelo nos hablan de la evolución de ciertas enfermedades como el cáncer

Desde la publicación del genoma humano y a medida que su secuencia se ha ido comparando con la secuencia del genoma de organismos modelos, cada vez se hace más y más evidente que un gran porcentaje de los genes cuyas alteraciones se ven reflejadas en la aparición o desarrollo de una determinada enfermedad, también se hayan representados en el genoma de dichos organismos. Es así como por ejemplo el gen que codifica el trasportador ABC que se encuentra mutado en la fibrosis cística, tiene su respectivo gen equivalente en los genomas de Drosophila y Arabidopsis. De la misma manera, el gen que se encuentra mutado en la distrofia muscular, se conserva hasta en los nemátodos cuyo organismo modelo es Caenorhabditis elegans (4). Cerca del 70% de los genes que se encuentran implicados en la aparición o progreso de algún tipo de cáncer, tienen homólogos en Arabidopsis, el 67% de los mismos se encuentran en el genoma de la mosca de la fruta y hasta en uno de los eucariotas más sencillos que existen, la levadura Saccharomyces cerevisiae, es posible encontrar un alto porcentaje de genes (cerca del 41%) que en humanos se han asociado a procesos cancerosos (13).

Pero no son las mutaciones en genes específicos, las únicas responsables de enfermedades particulares, es más, muy excepcionalmente se logra relacionar una mutación en un gen con el desarrollo de una enfermedad. En general, enfermedades como el cáncer, surgen como efecto del mal funcionamiento conjunto de decenas o cientos de genes que pueden estar implicados en una misma ruta metabólica. Para que se entienda mejor, es como si cada lucecita de la extensión de luces que solemos colocarle al árbol de navidad fuera un gen y la extensión en su totalidad, con cientos de luces interconectadas fuera la vía metabólica que permite que el árbol se ilumine en las noches. Para que al conectarla, notemos que algo no funciona apropiadamente, se necesita no solo que una lucecita no funcione, sino que sean varias, tal vez veinte o treinta, las que presentan el defecto, entonces podríamos decir que todas esas luces dañadas, están alterando nuestra ruta metabólica navideña, impidiendo que el árbol se ilumine. Llevado a un contexto biológico, podemos decir que una de las principales rutas que se alteran en cáncer es la ruta de la proliferación celular, dicha ruta está constituida por cientos de genes que como en nuestro ejemplo del árbol de navidad, son los factores que se interconectan para producir un fenotipo particular, en nuestro caso, que una célula se divida. El cáncer surge como resultado de la falta de control sobre el proceso de división celular y para que esto suceda, muchas de los genes claves, relacionados con el proceso de proliferación, tienen que alterarse de una u otra manera (14).

En todos los eucariotes que se conocen hasta hoy, incluidos las moscas, las plantas y los vertebrados, existe un conjunto de moléculas que son las encargadas de controlar el proceso de división celular, este grupo de moléculas se denominan ciclinas y kinasas dependientes de ciclinas y son las lucecitas que se interconectan para formar la vía metabólica de la proliferación celular. Se ha visto, que en la mayoría de los canceres, varios de estos genes claves tienen que estar alterados para que la célula pierda el control sobre su proceso de división (15). Surge de esta manera algo muy interesante, si bien es cierto que estas ciclinas y kinasas dependientes de ciclinas se encuentran totalmente distribuidas por los reinos naturales encontrándose desde las plantas hasta los mamíferos, y si sabemos que éstas pueden ser mutadas o alteradas tanto en plantas como en mamíferos, ¿porque éstas alteraciones repercuten directamente en la generación de cáncer en los mamíferos y no en las plantas?, en otras palabras, ¿por qué a las plantas no les da cáncer?


Conclusión

Para concluir, trataré de darle una respuesta parcial al interrogante anterior, pues no es una pregunta para nada fácil de contestar. Retomemos nuestro ejemplo de las luces del árbol de navidad. Como lo mencionaba anteriormente, cada una de las luces de nuestra serie de navidad, es o una ciclina o una kinasa dependiente de ciclina o uno de los muchos genes que son reguladas por estas; estos genes son altamente conservados entre las distintas especies, pero lo que varía es la manera en que están interconectados. Es posible que una luz roja en nuestra serie, esté seguida de una luz verde y precedida de una luz azul, pero en la serie de navidad de nuestro vecino, esa misma luz roja, esta seguida en cambio por una luz amarilla y precedida de una naranja. Biológicamente, esto quiere decir, que por ejemplo en humanos existe una determinada ciclina que regula la expresión de los genes A y B, mientras que en plantas, esta misma ciclina, regula los genes C y D y en vez de controlar la expresión del gen B, como sucede en humanos, es el gen B quien controla su expresión. Esto quiere decir que no son solamente los elementos de una red, los que regulan su comportamiento, adicionalmente resulta fundamental para una determinada respuesta de dicha red, la manera en que sus componentes están entrelazados, algo que los científicos llamamos el “wiring” o cableado de dicha red (16).

Es muy posible que a pesar de que los genes fundamentales que regulan el proceso de división celular sean básicamente los mismos en todos los organismos, sean sus interacciones, sus regulaciones específicas y los momentos en que son expresados los que cambian, produciendo una respuesta fenotípica totalmente diferente en organismos distintos. Esto significa que las plantas han logrado modificar su red de interacciones que controla el proceso de división celular, de tal manera que la perdida en el control de la proliferación, no represente un mayor problema, sin embargo el cableado de la misma red en los mamíferos es distinto y esto hace que el costo de perder el control sobre el proceso de división celular, sea el cáncer.

Cuando en el 2005, salió publicado el genoma del chimpancé, quedó claro que compartimos cerca del 98% de los genes que codifican para proteínas con nuestros primos más peludos, sin embargo, un mono es un mono y un ser humano es un ser humano. Pese a ese 98% de similitud en las unidades fundamentales de nuestro genoma, somos lo bastante diferentes sobre todo a un nivel cognitivo. La respuesta a esa diferencia, yace en la forma como esos genes comunes entre los simios y los humanos están interconectados, cómo, cuándo y bajo qué circunstancias se expresan, cómo son regulados, a qué estímulos responden, como interaccionan entre si y de qué manera se estimulan o se reprimen unos con otros. El mismo Craig Venter, expresó que luego de 10 años de la divulgación del genoma humano, su impacto en la medicina, no ha sido el esperado, esto se debe a que con la secuenciación de cualquier genoma, solo conocemos la estructura de las unidades fundamentales, los genes, el cómo son regulados, cuando y cómo se expresan y con qué otras moléculas interaccionan para formar redes moleculares, es aún desconocido y queda mucha tela para cortar para tratar de dar una explicación sistémica multidimensional y dinámica al genoma y a la vida misma. Es como si conociéramos las piezas del lego, pero sin tener muy claro, el cómo ensamblarlas para construir un destructor estelar de guerra de las galaxias. Pero actualmente, ese es el reto, eso es lo interesante y lo profundamente apasionante de la biología, tratar de entender y dar explicación a fenómenos altamente complejos pero espectaculares como la vida misma, ¿te animas a ayudarnos?


Referencias

[1] http://blog.genomequest.com/2010/07/implications-of-exponential-growth-of-global-whole-genome-sequencing-capacity/

[2] Ratner, L., W. Haseltine, et al. 1985. Complete Nucleotide-Sequence of the Aids Virus, Htlv-Iii. Nature. 313: 277-284.

[3] Adams, M, et al. 2000. The Genome Sequence of Drosophila melanogaster. Science. 287: 2185-95.

[4] The Arabidopsis genome initiative. 2000. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature. 408: 796-815.

[5] Winzeler, E, et al. 1999. Functional Characterization of the S. cerevisiae Genome by Gene Deletion and Parallel Analysis. Science. 285: 901-906.

[6] Waterson, R, et al. 2002. Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. Nature. 420: 520-562.

[7] The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. 2005. Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. Nature. 437: 69-87.

[8] Velasco, R, et al. 2010. The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.). Nature Genetics. 42: 811-914.

[9] http://www.genomesonline.org/index.htm

[10] Ahmad, M & Cashmore, A. 1993. HY4 gene of A. thaliana encodes a protein with characteristics of a blue-light photoreceptor. Nature. 366: 162-166.

[11] Li, Q & Yang, Q. 2007. Cryptochrome Signaling in Plants. Photochem. Photobiol. 83: 94-101.

[12] Thresher, R, et al. 1998. Role of Mouse Cryptochrome Blue-Light Photoreceptor in Circadian Photoresponses. Science. 282: 1490-1494.

[13] Jones, A, et al. 2008. The impact of Arabidopsis on Human health: Diversifying our portfolio. Cell. 133: 939-943.

[14] Stevaux, O & Dyson, N. 2002. A revised picture of the E2F transcriptional network and RB function. Current opinion in cell biology. 14: 684-691.

[15]Jonathon Pines. 1995. Cyclins, CDKs and cancer. Seminars in cancer biology. 6: 63-72.

[16] Barabási, A & Oltvai, Z. 2004. Network biology: understanding the cell's functional organization. Nature Reviews Genetics. 5: 101-113.