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Si a las plantas no les da cáncer, ¿podrían ayudarnos a entender qué sucede en el proceso carcinogénico?

Por Mauricio Quimbaya
 

El libro de la vida

Si se me permite hacer una comparación un tanto simplista en aras de tratar de explicar algo bastante complejo, diré que el genoma celular puede equipararse al libro de la vida. En él está escrita utilizando el lenguaje del ADN, la historia de nosotros y del resto de organismos como individuos, como especie y como linajes particulares. Cada organismo tiene un libro propio y en él están codificados cada uno de los elementos de este gran misterio al que llamamos vida.

Todos los libros están divididos en capítulos y en el caso del libro de la vida que nos describe como humanos, éste se encuentra dividido en 46 capítulos. Cada capítulo corresponde a cada uno de los cromosomas en los cuales se encuentra empaquetado nuestro genoma. Los capítulos están divididos en párrafos. Hay muchos párrafos que hasta hace  muy poco, pensábamos, contenían información que al leerla no contribuía a estructurar la historia plasmada en este libro, el denominado ADN basura. Está concepción cambió radicalmente, pero como es una historia diferente, ahora no ahondaré en ello. Existen algunos párrafos, muy pocos, que son los que narran nuestra historia biológica a través del tiempo. A estos párrafos los denominamos genes y son las unidades básicas que cementan nuestro genoma.

Nuestro libro de la vida es enorme, está escrito con seis mil millones de caracteres estructurando los distintos párrafos del libro, lo que equivale a tener una enciclopedia de 500 tomos, cada tomo del tamaño del directorio telefónico de una ciudad como Bogotá. Si quisieras sentarte a leer tu historia, te tomaría aproximadamente 10 años seguidos sin interrupciones. Tanta información significa que somos seres complejos, con una larga historia familiar y con muchas cosas para contar. Tenemos primos distantes como las bacterias con libros que contienen una menor cantidad de información y primos cercanos como las plantas con libros que poseen mucha más información.

Siempre fui un buen lector, y siempre me atrajo la naturaleza y la vida, de manera que traté de compaginar ambas actividades siendo biólogo para leer y tratar de entender el que es hasta ahora mi libro favorito, el libro de la vida.

Por algunos años me limité a tratar de entender la historia contenida en uno u otro libro. Algunas veces estaba inmerso en el genoma de alguna planta y en otras ocasiones trataba de descifrar el código escrito en el libro de algún animal. Todo cambió con mis estudios de doctorado, allí aprendí a comparar distintos libros de la vida para tratar de entender una o varias historias allí contadas simultáneamente.

La comparación de distintos libros es útil para saber que párrafos (genes) se han mantenido constantes o invariables en la historia de la vida, a éstos los podríamos definir como los elementos constitutivos de la vida. De la misma forma esta comparación nos sirve para saber qué párrafos nuevos han surgido a medida que se escriben nuevas historias (cuando surgen nuevos organismos), en este caso, dichos elementos son claves para entender el proceso evolutivo y los procesos de adaptación a circunstancias particulares.

En el presente escrito quiero ilustrar mediante un ejemplo,  de qué manera la comparación de distintos libros de la vida, es una estrategia eficiente para la detección de nuevos elementos biológicos que puedan ayudar a explicar o a entender mejor un fenómeno de interés, en mi caso particular el desarrollo del cáncer, entendido como la perdida de la identidad celular de un grupo de células específicas, trayendo como consecuencia primaria la pérdida de su control proliferativo (para saber más en relación al proceso carcinogénico, visitar  Dinámicas y mecanismos del cáncer en nuestro blog).

Casi siempre olvidamos las preguntas verdaderamente importantes

Aunque fue hace ya algunos años, recuerdo como si fuera ayer la primera vez que hablé sobre mi proyecto de doctorado con quien para ese entonces era mi jefe. Todo mi proyecto lo resumió en una frase:

-       -“Vamos a encontrar nuevos genes relacionados con el proceso carcinogénico, empezando la búsqueda desde Arabidopsis thaliana”.

-        - ¡Genial! -Le contesté yo sin tener una verdadera noción de lo que estaba diciendo.

-        -  La verdad, no creo que sea tan genial pues te va tocar trabajar bastante y no estoy seguro que al final encontremos algo relevante-me dijo directamente mi jefe. En ese instante me di cuenta que contrario a mí, él si tenía una noción muy clara de lo que estaba diciendo.

-        -  ¡Genial!, me gustan los retos- le contesté ya no tan sonriente…¿y saben qué?, fue todo un reto.

El proyecto se fundamentaba en proponer una metodología experimental que permitiera asociar causalmente genes a los cuales aún no se les hubiera encontrado una función molecular específica, con procesos relacionados con el inicio o progreso de la transformación cancerígena. Para este proceso de identificación de genes debía utilizar un modelo biológico particular, y dicho modelo era Arabidopsis thaliana, una planta (para saber más en relación al uso de A thaliana como organismo modelo, visitar Genómica comparativa: ¿pueden una planta o una mosca enseñarnos algo acerca de nuestro genoma y de nuestra historia como especie? en nuestro blog).

Pasé varios meses tratando de identificar la metodología más eficiente para tratar de explorar el genoma de Arabidopsis con el fin de identificar genes, no solamente sin función definida, sino que también tuvieran una alta probabilidad de estar implicados en procesos cancerígenos cuando no funcionaban como debían funcionar, bien fuese porque la célula los produce en exceso o insuficientemente. Leí más de cien artículos científicos tratando de encontrar la metodología adecuada, les pregunté a muchos colegas quienes amablemente me daban su opinión y en momentos de frustración hacía por último lo que debería haber hecho primero, preguntarle a mi jefe.

Mi primer eureka lo vivencié cuando se me ocurrió que tal vez la información que podía explotar del genoma de Arabidopsis individualmente era insuficiente. Pensé que sería útil si pudiera comparar el genoma de esta plantita con otros genomas, lo cual me permitiría encontrar genes conservados evolutivamente que fueran más robustos en el momento de inferir funciones específicas, y sobre todo, útiles en el momento de encontrar relaciones funcionales con procesos biológicos implicados en el desarrollo del cáncer. Las siguientes preguntas fueron: ¿qué genomas comparar? y ¿cómo hacerlo? Recordé las palabras de mi jefe, “tendrás que trabajar mucho”.

Discutiendo con mi jefe y algunos colegas llegamos a la conclusión que lo más sencillo sería comparar el genoma de Arabidopsis con el genoma humano, ya que ambos son genomas que se encuentran totalmente secuenciados y, a su vez, son genomas ricos en información tanto estructural como funcional plenamente libre para la comunidad científica. Lo siguiente fue ponerme en contacto con un brillante bioinformático del instituto en el cual trabajaba, quien me ayudó a refinar la estrategia computacional necesaria para comparar dos genomas de más de 20 mil genes cada uno, además de ayudarme a desarrollar las herramientas bioinformáticas, necesarias para inferir relaciones funcionales de genes específicos que me permitieran encontrar genes con una alta probabilidad de estar implicados en procesos carcinogénicos.

Como eje central partimos de la maquinaria necesaria para que una célula se divida. A las moléculas implicadas en este proceso se les conoce como genes reguladores del ciclo celular y son los encargados de que el proceso de división celular se realice coordinadamente tanto en un momento determinado como en la célula específica que necesita dividirse y no en otra.

La hipótesis de trabajo fue lo más simple posible. Debíamos explorar sistemáticamente el genoma de Arabidopsis thaliana para encontrar genes sin función específica, los cuales de acuerdo a ciertos  filtros funcionales implementados, tuvieran una alta probabilidad de ser genes relacionados con procesos de división celular en esta planta modelo. La identificación de nuevos reguladores del ciclo celular en A. thaliana nos podría llevar a detectar genes ortólogos (hermanos) en humanos, cuya función también fuera desconocida, que pudiéramos asociar con procesos de división celular y quizás, por qué no, cuando su función fuera alterada, con procesos cancerígenos.

Estructuramos una plataforma computacional la cual, integrando distintas fuentes de información [1], me permitió acceder a la información contenida en los genomas tanto de la plantita como en el humano con el fin de encontrar genes sin función conocida que tuvieran una alta probabilidad de estar involucrados en procesos de división celular en ambos organismos. Inicialmente tomamos como punto de partida casi la totalidad del genoma tanto de Arabidopsis como de humano, es decir, más de veinte mil genes de la planta y de la misma manera más de veinte mil genes del humano, y mediante la aplicación sistemática y lógica de distintos filtros funcionales, pudimos reducir la lista a 40 pares de genes candidatos, los cuales según nuestro procedimiento computacional, no tenían hasta ese momento una función molecular asignada y tenían una alta probabilidad de estar implicados en procesos de regulación de la división celular tanto en plantas como en humanos [2]. Ese fue mi segundo pequeño eureka, una lista más o menos manejable experimentalmente de genes, que podía probar en laboratorio, para colocar nuestra hipótesis a prueba y demostrar que su función podía estar involucrada con el control del ciclo celular, bien fuera en plantas o en humanos. 

Lamentablemente el éxtasis no duró mucho, luego de casi un año de análisis bioinformáticos la pregunta verdaderamente importante y que le daba sentido al proyecto vino a mi cabeza: ¿cómo pretendo encontrar genes relacionados con el desarrollo del proceso cancerígeno, partiendo de la exploración del genoma de un organismo al cuál no le da cáncer? Porque hasta donde yo sabía, a las plantas no les daba cáncer y por lo tanto Arabidopsis thaliana, la cual pertenece al reino vegetal, poca o muy poca información podía entregarme en relación al desarrollo de esta enfermedad. No podía creer que la primera pregunta que debía haberme hecho, sólo había surgido casi un año después del inicio del proyecto, cuando tenía los ojos cuadrados de ver una pantalla de computador y justamente cuando había acabado de analizar la matriz de Excel más grande de mi vida.

Pero siempre hay luz al final del túnel…la otra cara de la moneda

Mi primera reacción fue la de explorar la literatura científica para tratar de encontrar evidencia que demostrara que a las plantas si les puede dar cáncer y, si este fenómeno no se diera en plantas, razones por las cuales este proceso no es viable en estos organismos.

No encontré mucha literatura científica relacionada con los interrogantes que estaba planteando, pero por lo menos encontré una decena de artículos que ya habían tratado de responder dichas dudas. La respuesta básicamente fue que en plantas no existe un fenómeno similar al que nosotros conocemos como cáncer y esto se puede explicar por varios factores [3,4].

La característica sésil de las plantas las ha llevado a desarrollar mecanismos increíblemente eficientes para tolerar circunstancias medioambientales muchas veces agrestes. Nosotros como animales móviles, si está haciendo mucho sol y sentimos que nuestra piel se está calentando más de lo debido, simplemente caminamos hacia la sombra de un árbol o nos colocamos un sombrero. Las plantas no pueden hacer esto simplemente porque su movilidad es mínima, por lo tanto, millones de años de evolución las han llevado por ejemplo, a que la luz sea un aliado más que un enemigo por medio del proceso fotosintético, de igual manera poseen un desarrollo post-embrionario que las hace mucho más plásticas permitiendo que su morfología se desarrolle concomitantemente con las condiciones medioambientales que soportan. Sus procesos de reparación de daños en el ADN son diferentes a los llevados a cabo en células animales y, además, son mucho más eficientes. Por último la pared celular hace que sus células estén confinadas, lo cual haría imposible que una célula que pierde su identidad celular y se torna cancerígena migre hacia otros órganos de la planta, proceso que en animales se conoce como metástasis y que es en realidad el verdadero asesino de los pacientes con cáncer.

No negaré que luego de asimilar esta información, estuve algunos días meditabundo y un poco cabizbajo, pensando en qué tal vez, la profecía de mi jefe se haría realidad, y la estrategia de encontrar nuevos reguladores del proceso carcinogénico utilizando una planta como modelo no fuera la mejor. Sin embargo luego de darle muchas vueltas a la misma idea pude distinguir la otra cara de la moneda.

Dado que estaba buscando genes relacionados con los procesos de división celular y, teniendo en cuenta que, este es un proceso ancestral y altamente conservado en la historia de la vida (los genes controladores del ciclo celular pertenecerían a ese grupo de párrafos que son comunes a la mayoría de libros de la vida) cabía la posibilidad que las funciones de tales genes como reguladores del proceso de división celular, aún estuvieran conservadas entre plantas y humanos. Esto a pesar de que hace más de 1.2 billones de años desapareció el último ancestro común entre ambos grupos.

Genes que estuvieran controlado ciclo celular en plantas, tendría una función tan fundamental para el mantenimiento de la vida que los ortólogos de dichos genes en humanos seguirían controlando tal proceso.

Si lograba demostrar experimentalmente que dentro de mi lista de genes candidatos existían parejas de genes que regulaban procesos de división celular tanto en plantas como en humanos y, concomitantemente, si podía probar que la disrupción de la función de algunos de dichos genes candidatos en células humanas se asociaba con el inicio y/o progreso del proceso carcinogénico, no sólo demostraría que la estrategia de comparar distintos libros de la vida es útil para asignar funciones putativas a genes que no se sabía qué estaban haciendo dentro del genoma, sino que, también sería una fuerte evidencia para demostrar como una planta a la cual en teoría no le da cáncer, es un excelente modelo para entender procesos carcinogénicos, por lo menos desde el punto de vista desde la pérdida de control del proceso de división celular. Esto podría salvar la vida de miles de ratones de laboratorio que se usan a diario para entender cómo es el proceso de inicio y desarrollo de la enfermedad. Si lograba hacer esto en los 3 años que me quedaban de beca la tarea estaría realizada…“tendrás que trabajar mucho”-recordé las palabras de mi jefe.

Para hacer una historia muy larga corta

Usando a Arabidopsis thaliana como modelo experimental pudimos demostrar que más de la mitad de nuestros genes candidatos al ser eliminados del genoma de la planta (algo que se conoce cono Knocking-out) producían distintos fenotipos característicos de genes que controlan el proceso de división celular. Cuando analizamos las hojas de las plantas mutantes (a las cuales se les había eliminado el gen) en comparación a plantas con su genoma intacto (denominadas silvestres) observamos como los mutantes tenían o muchas más células o muchas menos, y dichas células eran o mucho más pequeñas o mucho más grandes. Aún más interesante, cuando se analizaron distintos tumores de pacientes con cáncer, fue posible establecer una relación directa entre el tiempo de supervivencia de los pacientes y alteraciones en la expresión de los genes de humanos ortólogos a aquellos de Arabidopsis implicados en el control del ciclo celular. Es decir, si la expresión de dichos genes era más alta que los estándares considéranos como promedio en pacientes sanos, los pacientes con dicha expresión anómala de nuestros genes candidatos, tenían una probabilidad baja de supervivencia. Experimentalmente pudimos demostrar mediante el análisis de los genes candidatos detectados usando herramientas bioinformáticas que, si un gen en Arabidopsis regula ciclo celular, su ortólogo en humanos tiene una alta probabilidad de cumplir la misma función en células humanas y además, comprobamos que si la función de tales genes es alterada, es también muy probable que dichos genes estén implicados en el desarrollo del proceso carcinogénico [2].

De la misma manera, tuvimos la oportunidad de estudiar un par de genes homólogos en profundidad no solamente asociándolos con el proceso de división celular tanto en plantas como en humanos, sino también, ahondando en la función molecular que desempeñan. El gen ETG1 de Arabidopsis y su ortólogo MCMBP en humanos son nuevos reguladores del proceso de división celular controlando no solamente el proceso de replicación del ADN, sino también, el proceso de división equitativa de los cromosomas en anafase [5]. Realizando estudios en cultivos de células humanas, en ratones y en tumores de humanos pudimos demostrar que el gen MCMBP, antes de nuestro estudio sin función conocida, es un nuevo elemento vital controlando los procesos de división celular tanto en plantas como en humanos y, además, es un factor clave el cual al alterar su expresión, induce el desarrollo del proceso carcinogénico por lo menos en el caso particular del cáncer de colón [6].

Mensaje para llevar a casa

El libro de la vida, aunque complejo, es fascinante, durante mis estudios de doctorado aprendí a leerlo de una manera distinta. Entendí la importancia de comparar distintas historias para captar de una manera más clara la información que éstos contienen. Comprendí que existen mil y un maneras distintas de aproximación a las historias que allí están escritas y, que de cada una de estas maneras de interpretación podemos sustraer pequeños fragmentos que narran un pedazo de historia biológica, la cual, nos ayuda a entendernos a nosotros como organismo, especie y linaje. Puedo decir sin temor a equivocarme que la lectura de este gran libro de la vida aparte de formarme como científico me hizo un mejor ser humano, más consiente en relación al papel que como seres humanos jugamos en el universo y, maravillado con la complejidad característica de esta propiedad que nos hace únicos en el cosmos, la vida.

No sé si de alguna manera mis experimentos y los artículos publicados han contribuido con un granito de arena a entender el proceso carcinogénico, pero estoy convencido que para algunos científicos Arabidopsis thaliana ha surgido como un modelo experimental tan pertinente como Drosophila melanogaster (la mosca de la fruta) o como Mus musculus (el ratón de laboratorio) para tratar de explicar y entender los cambios característicos del proceso canceroso. Ahora que he comenzado mi carrera científica, pienso seguir utilizando a esta pequeña plantita como modelo experimental para mis investigaciones relacionadas con el control del ciclo celular y con el proceso de transformación neoplásica. Mi jefe tenía razón, tuve que trabajar arduamente pero cuando uno hace lo que ama hacer, el universo conspira para que el trabajo fluya y la barca llegue a buen puerto.

Todo aquel que se involucra de una manera seria en el proceso de investigación científica, sabe que a la entrada del templo de la ciencia está escrita la frase: debes tener fe Max Planck.

Referencias

[1] Vandepoele, K, Quimbaya, M, Casneuf, T, De Veylder, L and Van de Peer, I. 2009. Unraveling Transcriptional Control in Arabidopsis Using cis-Regulatory Elements and Coexpression Networks. Plant Phys. 150: 535-546.

[2] Quimbaya, M, Vandepoele, K, Raspé, E, Matthijs, M, Dhondt, S, Beemster, G, Berx, G and De Veylder, L. 2012. Identification of putative cancer genes through data integration and comparative genomics between plants and humans. Cellular and Molecular Life Sciences. 69(12):2041-55.

[3] Doonan J & Hunt T. 1996. Cell cycle. Why don't plants get cancer?. Nature. 380(6574):481-2.

[4] Jones AM, Chory J, Dangl JL, Estelle M, Jacobsen SE, Meyerowitz EM, Nordborg M, Weigel D. 2008. The impact of Arabidopsis on human health: diversifying our portfolio. Cell. 133(6):939-43.

[5] Takahashi, N, Quimbaya, M, Schubert, V, Lammens, T, Vandepoele, K, Schubert,I, Matsui, M, Inzé, Berx, G and De Veylder, L. 2010. The MCM-Binding Protein ETG1 Aids Sister Chromatid Cohesion Required for Postreplicative Homologous Recombination Repair. PLoS Genetics. 6 (1).

[6] Quimbaya, M, Raspé, E, Denecker, T, De Craene, B, De Veylder, L and Berx, G. Misregulation of the novel replisome factor MCMBP favors oncogenesis in colorectal carcinomas by chromosomal instability induction. Sometido a Oncogene.

3 comments to “Si a las plantas no les da cáncer, ¿podrían ayudarnos a entender qué sucede en el proceso carcinogénico?”

  1. Excelente trabajo, no solo me deleité leyendo el artículo por la fluidez de su redacción sino con los resultados tan maravillosos que se obtuvieron como fruto de un inmenso esfuerzo. Mis más sinceras felicitaciones, yo como estudiante de pregrado en Biología sólo espero poder realizar en un futuro cercano trabajos de tal magnitud. Mauricio Quimbaya eres un orgullo para la investigación y los científicos colombianos!

  1. Excelente trabajo, no solo me deleité leyendo el artículo por la fluidez de su redacción sino con los resultados tan maravillosos que se obtuvieron como fruto de un inmenso esfuerzo. Mis más sinceras felicitaciones, yo como estudiante de pregrado en Biología sólo espero poder realizar en un futuro cercano trabajos de tal magnitud. Mauricio Quimbaya eres un orgullo para la investigación y los científicos colombianos!

  1. Hola Mónica,primero que todo, te pido disculpas por no haber respondido antes.

    Te doy muchas gracias por tus elógios inmerecidos. Me motiva saber que te gustó el artículo pués me hace creer aún más en la labor de divulgación científica que hemos tratado de hacer desde Biogenic para tratar de que futuros biológos como tu se enamoren de esta profesión que sin dudarlo es la mejor del mundo.

    Te deseo éxitos en tu futuro profesional y mi consejo es que sigas con constancia tus sueños. La actividad científica no es una tarea fácil, pero el trabajo con disciplina, honestidad y constancia siempre darán buenos resultados, sólo toca tener paciencia.

    Sabes que desde Biogenic estamos para ayudarte en lo que podamos y necesites.

    Saludos y gracias por leernos.

    Mauricio.

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